В январе 1990 года по инициативе Елены Георгиевны Боннэр, а также коллег и друзей Андрея Дмитриевича была создана Общественная комиссия по увековечению памяти академика Андрея Сахарова — Фонд Сахарова. В мае 1991 года Фонд Сахарова провел в Москве I Международный Конгресс памяти Андрея Сахарова «Мир, прогресс, права человека». На конгрессе были обнародованы адресованные официальным инстанциям предложения независимых авторитетных экспертов по проблемам перехода СССР от тоталитаризма к демократии, ликвидации последствий Чернобыльской катастрофы и безопасности ядерной энергетики. Следующими этапами работы Фонда Сахарова стали: создание и открытие в 1994 году Архива Сахарова и — в 1996 году — Музея и общественного центра «Мир, прогресс, права человека» имени Андрея Сахарова. Помещения для Архива и Музея предоставило Фонду Сахарова в безвозмездную аренду до 2021 года Правительство Москвы. Финансовые средства на реконструкцию здания Музея и общественного центра предоставили: Американское агентство международного развития, Национальный фонд развития демократии (США) при посредстве юридического консорциума АРД/ЧЕККИ и Дома Свободы (США), Фонд Мак-Артуров (США) при посредстве Университета Брэндайса (США), Фонд Сороса (США), Алан Вин (Великобритания), Андрей Сахаров и Елена Боннэр (Россия).